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樣品的認知：在層析過程要對樣品做足夠的認知，包括樣品的濃度，樣品的組成等做一定的了解，如真核細胞分泌表達的樣品，要了解其上游工藝，培養基組成，培養過程等的一些添加劑是否對層析填料的性能及壽命衰減會有影響，及樣品的酸堿度，離子強度，濁度等做足夠的了解，必要的時候要進行再次澄清處理及體系置換。

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蛋白質純化工藝中的其他因素也會對蛋白質的穩定性產生影響。對蛋白質的處理步驟越少越好，在最短時間內采用最少步驟的純化工藝才能保證得到最高產率的活性蛋白質。而且，在整個純化過程中，蛋白質最好都保持在低溫狀態。一般純化過程都在4°C進行,因為這個溫度既可以降低酶解速度（在含有蛋白酶的情況下），又可以保證蛋白質的結構完整性。

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生物分子與親和層析介質上的配體通過共價鍵、范德華力、疏水力、靜電力等作用發生生物學專一性結合形成復合物，共價鏈接在載體表面的功能團配體上。蛋白質親和層析技術通過目標蛋白質與配體間通過特異性親和力吸附而達到分離純化的目的，具有生物專一性的特點，純化效率高。親和層析是一種根據生物分子之間的特異相互作用來分離蛋白的層析方法，如酶和底物、受體和配體、抗體和抗原。這種作用是特異性的也是可逆的，通過這種可逆的結合和分離來達到蛋白純化的目的。

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CHO細胞培養后先經過離心的方式去除細胞及細胞碎片，也可用微濾或者深層過濾的方式去除細胞及細胞碎片。去除細胞和細胞碎片后用rProtein A親和層析介質經親和層析捕獲，把單抗從培養液中快速的捕獲出來，此步驟可以去除大量的HCP，單抗去折疊片段，病毒及HCD和培養基組份物質。